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mRNA，tRNA，蛋白質，酶可以通過核孔。核孔可以讓蛋白質和RNA進出，但不是自由進出，而是雙向性的主動選擇。核孔上具有核孔復合體（NPC），能介導蛋白質的入核運輸和mRNA的出核轉運。
可以通過核孔的物質可以通過核孔的物質：mRNA，tRNA，蛋白質，酶。因為mRNA在細胞核中形成，而要合成蛋白質要在細胞質中，所以mRNA要出來，還有tRNA也一樣。
mRNA和tRNA分別在核基質和核仁中合成，然后再由核孔進入細胞質基質，參與蛋白質的翻譯過程。組成核糖體的rRNA和大小亞單位蛋白質也是在核仁中合成的，然后再由核孔進入細胞質，在細胞之中完成核糖體的組裝。
此外，還有很多酶和很多小分子物質都能自由進出核孔的。
