關于元謀人化石的地質時代和絕對年代,學術界存在不同看法。
一種觀點認為屬早更新世早期,在距今170萬年左右。中國地質科學院地質力學研究所用古地磁方法測定距今170萬±10萬年。電子自旋共振法測定為距今160~110萬年。根據與元謀人伴生的哺乳動物的研究和與北京人牙齒的比較,似乎更為原始。
另一種意見認為,在中更新世。因為古地磁年代不應超過73萬年,根據元謀人的化石層,可能距今60萬~50萬年或更晚。
經過對所發現的石器的研究,表明元謀人所處時期為舊石器時代早期。
如果將元謀人的年代定位為170萬年前,那么元謀人就是目前已知的中國境內最早的古人類。由于這是最初的對元謀人的年代定位,一些教材、通俗讀物和百科全書都持此說。如果將元謀人的年代定位為60萬年左右,那么元謀人的年代將晚于公王嶺藍田人。